Criado na Alemanha pela então aluna de doutorado Daniele Yumi Sunaga, no Max Planck Institute for Molecular Genetics, o programa hunT ajuda a detectar genes importantes no processo de desenvolvimento embrionário de vertebrados, através da busca por sequências no DNA onde se liga o fator de transcrição T.

Fatores de transcrição são moléculas que induzem a expressão de genes para que fabriquem proteínas. No caso do fator T, é sabido que a sua ausência pode levar à morte prematura do embrião de camundongo por volta do 11º dia de gestação, mas ainda não se sabe como isso acontece. Segundo a Dra. Sunaga, decifrar a rede biológica em que o T está envolvido é um passo importante para compreender não só o desenvolvimento embrionário de vertebrados, mas também algumas doenças humanas.

Uma aula de biologia

Para entender como o programa hunT funciona é necessário relembrar um conceito básico da biologia. O DNA consiste de uma extensa sequência que é composta pela variação de 4 moléculas representadas pelas letras A, C, G e T, e é onde estão distribuídos os genes. O que o programa hunT faz é buscar nessa sequência, particularmente nos trechos que antecedem às sequências dos genes, uma cadeia conhecida de aproximadamente 20 letras que corresponde ao lugar onde o fator de transcrição T se liga e passa a controlar o funcionamento do gene que vem a seguir.

Comparado com programas semelhantes existentes, o hunT apresenta algumas vantagens. Ele permite, por exemplo, buscar de forma simultânea os genes que são regulados por diferentes fatores de transcrição ou então, buscar genes que possuem vários sítios de ligação para um determinado fator. Além disso, ele permite o melhor controle da ocorrência de mismatches, que são trocas de letras em uma posição específica da sequência do DNA, que diferem daquela informada pelo usuário no momento da busca. “Em suma, o hunT é um programa de lógica simples, mas adaptado ao que é sabido sobre o fator de transcrição T, tornando-o uma ferramenta mais eficaz que as demais pois é mais robusta biologicamente”, diz a Dra. Sunaga.

Em relação aos programas de bioinformática, a Dra. Sunaga conta que, de um modo geral, não há problemas nos programas. “O que há, algumas vezes, é a inadequação de alguns deles para tratar uma característica de um problema biológico ou ainda, o despreparo dos usuários na escolha de qual programa usar e como usar”. A aplicação de parâmetros inadequados numa análise de dados pode levar a resultados controversos.