A linguagem pela qual o vírus e o hospedeiro se comunicam, ou seja, o código genético pelo qual acontece a comunicação foi foco da livre docência de 2014 do professor Paulo Eduardo Brandão, do Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia da USP. Atualmente, a principal linha de pesquisa do professor é a evolução da utilização de códons.

O professor chama de linguagem a forma como o genoma se traduz para proteínas, já que esse processo possui semântica (estudo do significado dos sinais) e sintaxe (estudo da disposição dos sinais), de modo a realmente formar uma linguagem molecular.

Os sinais usados pelos vírus são os códons - cada um é formado por três bases nitrogenadas presentes na fita principal de DNA, e corresponde a um certo aminoácido - presentes no genoma, toda a informação hereditária de um organismo que está codificada em seu DNA. O código genético é o modo como o genoma é capaz de se traduzir para proteína. A semântica, ou seja, a mensagem, é representada pelo aminoácido que será usado pelo vírus, mas que também é necessária ao hospedeiro. Já a sintaxe, é a capacidade que os códons possuem para se ligarem aos anti-códons (presentes na outra fita de DNA).

Alguns aminoácidos possuem até seis modos sinônimos de serem codificados. Dependendo de como um vírus consegue traduzir aquilo, a eficiência é modificada. Paulo Eduardo Brandão explica que é como utilizar sinônimos: “As palavras veículo, carro e automotor são sinônimos, palavras diferentes para o mesmo significado, mas dependendo de como eu falar, vai ser mais ou menos eficiente”.

O vírus costuma usar uma linguagem genética mais silenciosa, que o hospedeiro entende menos, para ficar mais camuflado, mesmo que isso signifique gerar menos proteínas. Ou seja, o vírus prefere usar códons menos utilizados pelo hospedeiro, de forma a ser menos reconhecido pelo sistema imune. O professor explica que isso não torna o vírus menos invasivo.

Dessa forma, a replicação viral não é tão eficiente, mas é mais camuflável. Isso ocorre para que o vírus não seja reconhecido e não acabe morrendo no organismo. O viés de utilização de códons evoluiu a partir da seleção natural de modo que o vírus consegue sintetizar suas proteínas bem o bastante para formar novos vírus, mas não tão bem que expresse em excesso a sua presença para o sistema imune.

A metodologia do estudo compara genomas de hospedeiros e percebe qual códon cada espécie usa para cada aminoácido. Depois, é estudado o códon que o vírus usa para o mesmo aminoácido. Os principais objetos do estudo são a galinha e o coronavírus aviário. O professor explica que “o que se entender da relação deles pode ser usado para entender a coevolução de outros sistemas”, podendo gerar métodos de estudos para entender a ação de novos vírus, prevendo relações e até os prováveis hospedeiros. Além disso, o estudo ajuda a entender doenças e as respostas autoimunes.

Atualmente, Paulo Eduardo Brandão está no processo de juntar dados para expandir o estudo desse vírus em outras aves. Depois dessa etapa, o objetivo será mudar o tipo de vírus de modo a expandir ainda mais o entendimento da pesquisa.