São Paulo (AUN - USP) - Uma bem-sucedida associação entre temas aparentemente distantes, ligados por um contato franco-brasileiro. Foi assim que se desenvolveu o projeto “Questões Algorítmicas em Biologia Molecular”, parceria capitaneada por Carlos Eduardo Ferreira, do Instituto de Matemática e Estatística (IME) da USP, e Marie-France Sagot, do Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Instituto Nacional de Pesquisa em Informática e Automação), da França, o Inria.

Marie-France foi estudante de graduação no IME, mais precisamente de Ciência da Computação, e concluiu doutorado no Inria. Essa instituição de pesquisa possui equipes associadas a ela por todo o mundo, e o IME se tornou uma dessas parceiras a partir do momento em que se percebeu possível a ligação entre biologia molecular (tema do doutorado de Marie-France) e tópicos de computação, como otimização, combinatórias e algoritmos - seqüência de instruções e processos matemáticos necessários para a determinação de uma certa condição.

Um exemplo dessa interação entre biologia molecular e computação é a compreensão do processo biológico que envolve o DNA de dois seres vivos que surgiram a partir de um mesmo ser vivo extinto. A partir da análise das seqüências genéticas das duas espécies, atividade que envolve conceitos de algoritmos e programação, se pode saber o que originou tal diferenciação genotípica: observam-se semelhanças, substituição de “letras”, reversão de trechos (crossing-over) ou replicação de trechos de cadeias de DNA.

Outra mostra de como se dá a interação entre computação e biologia molecular é o estudo de uma árvore filogenética, na qual há a representação de várias espécies a partir de relações métricas que determinam seu parentesco. Para a construção dessa “árvore”que explique o processo evolutivo, são necessários programas algorítmicos que construam e representem os padrões das espécies analisadas. De acordo com Ferreira, opera-se um “fundo de biologia com aplicação em otimização e combinatória”.

Um terceiro exemplo de relação direta entre as duas áreas de saber: há uma teoria biológica em que se afirma que o cromossomo “y” evoluiu a partir do cromossomo “x”, por meio de perdas de partes de cadeias em conjunto com grandes inversões, cerca de quatro ou cinco.

O “quebra-cabeça” dessa proposição teórica é de que forma se deram tais supressões e reversões de trechos, e é aí que a computação entra, na análise de seqüências de letras por toda a cadeia cromossômica e suas transformações.

Esse projeto, portanto, cria uma ponte de conhecimento na qual dois ramos da ciência, um em cada país, propõem problemas e compartilham soluções: o Inria, com os problemas relacionados à biologia, e o IME, cuidando dos problemas computacionais. O saudável embate das linguagens biológica e computacional gerou e ainda pode gerar bons dividendos para as duas áreas.

O projeto, porém, está em seu fim, já que o financiamento da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp) se encerra em agosto deste ano. No entanto, um grupo de pesquisadores do IME já propôs outra iniciativa no campo da bioinformática, envolvendo análise de imagens, com a parceria de uma universidade francesa e a Universidade Católica do Chile.