São Paulo (AUN - USP) - O Instituto de Matemática e Estatística (IME) da USP desempenha papel crucial no desenvolvimento de seqüenciamentos genômicos no Brasil. De acordo com Alan Durham, professor do Instituto e integrante do projeto, a engenharia de softwares atua na área por meio da construção de arcabouços, ou seja, “modelos de solução, em que se olha um domínio de problemas e se entendem soluções”. Esses arcabouços são, na verdade, os programas de sistema aberto desenvolvidos pelos engenheiros de softwares.

No princípio dos projetos de seqüenciamentos de genes, havia poucos especialistas em informática, e os programas usados não possuíam os padrões atualizados da engenharia de softwares. Quando ocorria algum problema na programação, era muito mais difícil de detectá-lo e resolvê-lo, já que o sistema não era modulado e não se podia “trocar os pedaços”.

As funções do seqüenciamento (saber onde estão os genes e quais são suas respectivas proteínas e também quais são os genes expressos, aqueles que estão em funcionamento) têm seu processo facilitado por meio da padronização dos softwares utilizados. Esses programas funcionam cada um a sua maneira, mas fazem parte de um modelo de integração, o que garante a limpeza do seqüenciamento genômico e agiliza a decodificação do genoma.

A bioinformática adquiriu destaque para o grande público no Brasil a partir do surgimento do projeto de seqüenciamento genético do Xylella fastidiosa, mais conhecido como “amarelinho”, em 1998, e se tornou uma das mais prósperas áreas de conhecimento. Nessa pesquisa, a área de computação estava a cargo da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp).

Porém, a partir de 2002, a USP obteve financiamento da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) para abrir um dos dois cursos de doutorado em Bioinformática no Brasil. Como experiência de apoio, o fato de ter sido a representante latino-americana do Tropical Disease Research (Pesquisa em Doenças Tropicais), órgão financiado pela Organização Mundial de Saúde (OMS), pela Organização das Nações Unidas (ONU) e pelo Banco Mundial, para ministrar seu curso de bioinformática.

O doutorado em Bioinformática da USP conta com oito unidades da universidade: o Instituto de Matemática e Estatística (IME), o Instituto de Ciências Biomédicas (ICB), a Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ), a Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz” (Esalq), o Instituto de Física de São Carlos (IFSC), o Instituto de Química (IQ), o Instituto de Biociências (IB) e o Instituto de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (ICFRP). O site do programa é http://www.ime.usp.br/posbioinfo/